İzmir Bakırçay Üniversitesi bünyesinde 7 Fakülte (Eczacılık, Hukuk, İktisadi ve İdari Bilimler, İnsan ve Toplum Bilimleri, Mühendislik ve Mimarlık, Sağlık Bilimleri ile Tıp Fakülteleri), 1 Yüksekokul (Yabancı Diller Yüksekokulu), 3 Meslek Yüksekokulu (Adalet, Kınık ve Menemen Meslek Yüksekokulları) ile 1 Enstitü (Lisansüstü Eğitim Enstitüsü) bulunmaktadır.

Üniversitemizin idari iş ve işlemlerini yürütmek amacıyla Genel Sekreterlik Makamı bünyesinde 8 Daire Başkanlığı (Bilgi İşlem, İdari ve Mali İşler, Kütüphane ve Dokümantasyon, Öğrenci İşleri, Personel, Sağlık Kültür ve Spor, Strateji Geliştirme ile Yapı İşleri ve Teknik Daire Başkanlığı) bulunmaktadır.

İzmir Bakırçay Üniversitesi akademik birimlerde uygulanan programların uygulama boyutunu ve araştırmaları desteklemek, çok disiplinli yaklaşımlar ile halen yürütülen programlardan ve araştırmalardan farklılaşmak amacıyla tıp-sağlık, fen-mühendislik ve sosyal-beşeri bilimler alanlarında faaliyetlerini sürdüren 12 araştırma ve uygulama merkezine sahiptir.

Üniversitemiz bünyesinde akademik ve idari işleri yürütmek amacıyla 15 koordinatörlük bulunmaktadır.

Kamu mali yönetiminin yapısını ve işleyişini düzenleyen 5018 sayılı Kamu Mali Yönetimi ve Kontrol Kanunu 24.12.2003 tarihinde yürürlüğe girmiş ve bu Kanunla yeni kamu mali yönetimi, yönetim sorumluluğu esasına göre düzenlenmiştir.